水木年华一共发行了12张专辑，一共发行了大约129首歌曲。
水木年华第1张专辑名称为《一生有你》，发行于2001-09-26，收录了《一生有你》《蝴蝶花》《轻舞飞扬》《美丽人生》《墓志铭》《中学时代》《老屋》《今天我们要走了》《水》《快乐园》《四月物语》《轻舞飞扬》《蝴蝶花》等13首歌曲。
水木年华第2张专辑名称为《青春正传》，发行于2002-06-01，收录了《单车岁月》《当我老了》《风花树》《蝴蝶花》《今天我们要走了》《快乐园》《老屋》《冒险小子》《美丽人生》《迷乡》《墓志铭》《你们》《青春正传》《轻舞飞扬》《轻舞飞扬》《水》《四月物语》《天使街》《我们去远方》《小爱人》《一生有你》《中学时代》等22首歌曲。
水木年华第3张专辑名称为《3》，发行于2003-02-01，收录了《小爱人》《青春正传》《失恋日记》《在他乡》《再见了最爱的人》《蝴蝶花》《中学时代》《墓志铭》《新年快乐》《恋爱十日谈》《轻舞飞扬》《一生有你》《一生有你》等13首歌曲。
水木年华第4张专辑名称为《毕业纪念册》，发行于2004-05-01，收录了《水木年华》《在他乡》《蝴蝶花》《水木年华》《老屋》《水木年华》《一生有你》《再见了最爱的人》《我们的歌》《成长》等10首歌曲。
水木年华第5张专辑名称为《70 80》，发行于2004-10-01，收录了《Dancing In The Rain》《垮掉的一代》《爱上你我很快乐》《爱·春·秋》《太阳的眼泪》《二十二条校规》《别哭 别哭》《逃亡列车》《少年维特的烦恼》《月舞》等10首歌曲。
水木年华第6张专辑名称为《完美世界》，发行于2005-10-01，收录了《完美世界 (主题版)》《Fly With Me》等2首歌曲。
水木年华第7张专辑名称为《生命狂想曲》，发行于2006-11-01，收录了《Intro 生命之源》《Forever Young》《完美世界》《生命之诗》《秋日恋歌》《恋人岛》《命运之变奏》《Burning Till I Die》《琥珀》《耶路撒冷的星空》等10首歌曲。
水木年华第8张专辑名称为《双重幻想》，发行于2007-05-16，收录了《直到看见大海》《Listen to my heart (倾听我心)》《借我一生》《莫斯科的黄昏》《破碎的心》《冷酷仙境》《少年往事》《夜风里的玫瑰》《别哭，我最爱的人》《水仙 (Narcissus)》等10首歌曲。
水木年华第9张专辑名称为《生命的意义》，发行于2009-09-15，收录了《生命的意义》《就在启程的时刻
启程》《水木年华》《水木年华》《就在启程的时刻》等5首歌曲。水木年华第10张专辑名称为《启程》，发行于2010-05-11，收录了《启程》《生命的意义》《旅途 (Journey)》《面朝大海》《你是我找了很久的温柔》《自由蓝》《那些花开的日子》《宝贝你听到了吗》《生命的尊严》《最好的年华》等10首歌曲。
水木年华第11张专辑名称为《生于70年代》，发行于2012-11-04，收录了《会有那么一天》《不再让你孤单》《梦田》《蜗牛的家》《你的生日》《你知道我的迷惘》《马不停蹄的忧伤》《野百合也有春天》《人间》等9首歌曲。
水木年华第12张专辑名称为《昨日情书》，发行于2017-03-20，收录了《唯你一生(单人版)》《你的每一次呼吸》《不再让你孤单》《最好的年华》《没有人比我更爱你》《借我一生》《秋日恋歌》《琥珀》《爱上你我很快乐》《再见最爱的人》《在他乡》《小爱人》《轻舞飞扬》《蝴蝶花》《一生有你》等15首歌曲。