孙燕姿一共发行了14张专辑，一共发行了大约169首歌曲。
孙燕姿第1张专辑名称为《孙燕姿 同名专辑》，发行于2000-06-09，收录了《超快感》《爱情证书》《天黑黑》《E-lover》《E-Lover》《浓眉毛》《浓眉毛》《和平》《和平》《自然》《自然》《终于》《终于》《很好》《Leave Me Alone》《Leave Me Alone》等16首歌曲。
孙燕姿第2张专辑名称为《我要的幸福》，发行于2000-12-07，收录了《on the road(demo1)》《我要的幸福》《坏天气》《零缺点》《开始懂了》《中间地带》《相信》《累赘》《难得一见》《害怕》《星期一天气晴我离开你》《on the road(demo2)》等12首歌曲。
孙燕姿第3张专辑名称为《风筝》，发行于2001-07-12，收录了《绿光》《风筝》《任性》《逃亡》《不是真的爱我》《真的》《练习》《爱情字典》《我是我》《任性(录音室Demo版)》《风筝(先听版)》《爱情字典(先听版)》《随堂测验(先听版)》《真的(Introductions)》《真的(自弹自唱版)》《随堂测验》等16首歌曲。
孙燕姿第4张专辑名称为《Start 自选集》，发行于2002-01-05，收录了《Hey Jude》《Silent All These Years》《橄榄树》《没时间》《Sometimes Love Just Ain’t Enough》《原来你什么都不要》《That I Would Be Good》《Venus》《Someone》《天空》《就是这样》《Up2U》等12首歌曲。
孙燕姿第5张专辑名称为《离开》，发行于2002-05-20，收录了《作战》《我不爱》《懂事》《直来直往》《一样的夏天》《爱从零开始》《不同》《眼神》《我想》《Leave》《We Will Get There》《一起走到》等12首歌曲。
孙燕姿第6张专辑名称为《未完成》，发行于2003-01-10，收录了《神奇》《我不难过》《永远》《未完成》《接下来》《学会》《年轻无极限》《了解》《休止符》《没有人的方向》《My Story，Your Song》等11首歌曲。
孙燕姿第7张专辑名称为《这一刻》，发行于2003-08-22，收录了《The moment》《遇见》《懒得去管》《不能和你一起》《太阳底下》《全心全意 (英语)》《我要的幸福》《One United People》《朝快感》《天黑黑》《很好》《Someone》《风筝》《任性》《逃亡》《害怕》《永远》《橄榄树》《没有人的方向》《眼神》《真的》等21首歌曲。
孙燕姿第8张专辑名称为《Stefanie》，发行于2004-10-29，收录了《奔》《我的爱》《祝你开心》《我也很想他》《听见》《慢慢来》《同类》《种》《反过来走走》《Stefanie》《Let’s Vino》《未知的精采》等12首歌曲。
孙燕姿第9张专辑名称为《完美的一天》，发行于2005-10-07，收录了《完美的一天》《眼泪成诗》《隐形人》《流浪地图》《第一天》《Honey Honey》《心愿》《另一张脸》《梦不落》《明天晴天》等10首歌曲。
孙燕姿第10张专辑名称为《逆光》，发行于2007-03-22，收录了《Intro》《逆光》《梦游》《咕叽咕叽》《我怀念的》《安宁》《飘着》《爱情的花样》《漩涡》《需要你》《关于》《Outro》等12首歌曲。
孙燕姿第11张专辑名称为《是时候》，发行于2011-03-08，收录了《世说心语》《追》《当冬夜渐暖》《时光小偷》《空口言》《明天的记忆》《180度》《快疯了》《愚人的国度》《是时候 + Hidden Track》等10首歌曲。
孙燕姿第12张专辑名称为《克卜勒》，发行于2014-02-27，收录了《克卜勒》《渴》《无限大》《尚好的青春》《天使的指纹》《银泰》《围绕》《错觉》《比较幸福》《雨还是不停地落下》等10首歌曲。
孙燕姿第13张专辑名称为《彩虹金刚》，发行于2016-08-19，收录了《彩虹金刚》《Sweet Child o’ Mine》《童谣1987年》《克卜勒》《这个世界》等5首歌曲。
孙燕姿第14张专辑名称为《孙燕姿 No.13 作品：跳舞的梵谷》，发行于2017-11-09，收录了《风衣》《我很愉快》《跳舞的梵谷》《天越亮，夜越黑》《天天年年》《漂浮群岛》《超人类》《充氧期》《平日快乐》《极美》等10首歌曲。